Po deseti letech služby pro Ministerstvo obrany Uzbekistánu tuto pozici Erkin Musajev opustil a začal pracovat pro Severoatlantickou alianci (NATO). Později přijal nabídku Rozvojového programu OSN (UNDP). V rámci tohoto programu pracoval v lednu 2006 v Uzbekistánu, když ho zadrželi cestou na konferenci OSN v Kyrgyzstánu. Podle toho, co řekl své rodině, Erkina Musajeva zadržela Národní bezpečnostní služba (SNB). Nejprve mu policisté řekli, že v jeho tašce našli drogy a vyhrožovali mu zatčením za obchod s drogami. Potom obvinění změnili a tvrdili, že v jeho tašce našli disk s tajnými informacemi. Nařkli ho tak ze špionáže, což Erkin Musajev popřel a trval na tom, že mu disk do tašky nastrčili policisté.

Po zadržení ho údajně vyslýchali deset dní, během kterých neměl přístup ani k rodině, ani k právníkovi. Následovaly měsíce plné bití ve dne, vyslýchání v noci a neustálých výhrůžek jeho rodině. Nemohl svou rodinu vidět, dokud se mu modřiny nezahojily. Kvůli mučení a dalšímu nelidskému zacházení, kterým si Erkin Musaev prošel, nakonec podepsal přiznání výměnou za to, že SNB nechá jeho rodinu na pokoji. To se ale nestalo a jeho rodina ze strachu ze země utekla.

Erkin Musajev byl obviněn a usvědčen ze špionáže pro neidentifikovanou zemi NATO a ze zneužívání fondů OSN. Po třech nespravedlivých soudech v červnu a červenci 2006 a září 2007 byl odsouzen k dvaceti letům odnětí svobody. Všechny soudy připustily jako usvědčující důkaz přiznání, které policie získala na základě mučení, a odmítly stížnosti ze strany Musajeva a jeho právníka, kteří na mučení upozorňovali.

V současnosti si Erkin Musajev odpykává trest v trestanecké kolonii na severozápadě Uzbekistánu. Potřebuje kvalifikovanou lékařskou pomoc, které se mu ve vězení nedostává. Od roku 2009 ho navíc několikrát za trest kvůli údajnému porušení vězeňského řádu zavřeli do zvláštní betonové cely, která je malá, často bez oken, topení, světla či ventilace.