Státní zástupce vyslechl Ibrahima v přítomnosti jeho právníků v souvislosti s jeho obviněními z „přispívání k dosažení cílů teroristické skupiny“ a „zveřejnění nepravdivých informací podrývajících národní bezpečnost“, v případu 488/2019, který se týká protivládních protestů z března 2019. Ibrahim byl dotazován na svou práci v oblasti lidských práv a nebyl proti němu předložen žádný důkaz. Ani Ibrahim, ani jeho právníci nemohli prozkoumat složku Národní bezpečnostní agentury, která je proti němu vedena.

Přestože byl ve vazbě od 11. června 2019, Národní bezpečnostní agentura uvedla, že byl Ibrahim zatčen 25. listopadu 2019 a popřela, že došlo k nucenému zmizení. Právníci zpochybnili toto datum a uvedli skutečné datum zatčení.

Ibrahim Ezz El-Din, který nevypadal dobře a byl značně pohublý, řekl státnímu zástupci, že byl během svého zadržování mučen kvůli získání informací o svém vztahu k Egyptské komisi pro práva a svobody a její práci a byl držen v nelidských a ponižujících podmínkách na několika různých místech bezpečnostní agentury. Prokurátor nařídil jeho zadržení na patnáct dnů až do zahájení vyšetřování. Místo jeho současného zadržení nám není známo. Jeho právník požádal o prošetření jeho nuceného zmizení a mučení.