Dne 26. dubna 2018 vrchní soud Ntahangwa v Burundi poslal Germaina Rukukiho na 32 let do vězení za "vzpouru" a "porušení státní bezpečnosti“. Dne 17. července 2019 byl rozsudek potvrzen odvolacím soudem. V červnu 2020 Nejvyšší soud zrušil předchozí rozhodnutí a nařídil opětovné projednání odvolání, nicméně přesné datum jeho konání stále není známo. V současné době se Rukuki nachází v masivně přeplněném vězení Ngozi. Je vystaven vysokému riziku nemoci Covid-19, jelikož sdílí celu se 120 vězni. Pro všechny jsou k dispozici dvě sprchy a toalety. Od zadržení neměl možnost se vidět s rodinou.