Rukuki pracoval v neziskové organizaci a bojoval za lidská práva. V důsledku nespravedlivého a zmanipulovaného soudního řízení byl v dubnu 2018 odsouzen a uvězněn za „účast na povstaleckém hnutí,“ „ohrožení vnitřní bezpečnosti státu,“ „útok na autoritu státu“ a „vzpouru.“ O rok později rozsudek potvrdil i odvolací soud. V červnu 2020 však Nejvyšší soud zrušil předchozí rozhodnutí a nařídil opětovné projednání odvolání.

Dne 4. června 2021 odvolací soud v Ntahangwě odvolal většinu Rukukiho obvinění. Odvolání proti obvinění ze „vzpoury“ u soudu bohužel neobstálo. Se snížením trestu z původních 32 let na jeden rok ve vězení a pokutou ve výši 50 000 burundských franků, což činí zhruba 25 amerických dolarů, se očekává Rukukiho brzké propuštění.

V reakci na zprávu o mimořádném snížení trestu Germaina Rukukiho regionální ředitel Amnesty International pro východní a jižní Afriku, Deprose Muchena, uvedl:

„Je to skvělá zpráva nejen pro Germaina a jeho rodinu, ale také pro statisíce bojovníků za lidská práva po celém světě, kteří se v posledních čtyřech letech neúnavně zasazovali za jeho propuštění. Rozhodnutí odvolacího soudu snížit jeho trest z 32 let na jeden rok je krok správným směrem. Nicméně, Germain neměl být nikdy uvězněn a jeho odsouzení za „vzpouru“ musí být zrušeno.“