Zamora byl zatčen v červenci 2022 na základě obvinění z praní špinavých peněz. V červnu 2023 byl odsouzen k šesti letům vězení, avšak tento verdikt byl později zrušen kvůli procesním chybám. Přesto nadále čelil soudnímu stíhání a byl držen ve vazbě.

Dne 18. října 2024 rozhodl soudce Erick García o jeho propuštění do domácího vězení s tím, že doba jeho předběžné vazby překročila zákonné limity. O necelý měsíc později, 15. listopadu 2024, však odvolací soud toto rozhodnutí zrušil a nařídil jeho návrat do vězení do 48 hodin.

Navzdory nařízení soudu Zamora v domácím vězení zůstal, protože jeho obhajoba podala další odvolání, čímž dočasně pozastavila jeho návrat do věznice. Tento právní proces se protáhl na několik měsíců.

Dne 10. března 2025 však soudce García, přestože s rozhodnutím odvolacího soudu nesouhlasil, nařídil Zamorův návrat do vazby. Zamora byl okamžitě znovu uvězněn.

Prezident Guatemaly Bernardo Arévalo označil Zamorův případ za „naprosto falešný“ a kritizoval justiční systém za kriminalizaci nezávislých novinářů a bojovníků proti korupci. Mezinárodní organizace na ochranu lidských práv, včetně Amnesty International, odsoudily rozhodnutí o jeho návratu do vězení a požadují jeho okamžité propuštění.

Případ José Rubéna Zamory je vnímán jako odplata za jeho investigativní práci, zejména za odhalování korupčních skandálů administrativy bývalého prezidenta Alejandra Giammatteiho. Jeho opětovné uvěznění vyvolává vážné obavy o svobodu tisku a nezávislost soudního systému v Guatemale.