„SOFA nezaručuje zadržovaným žádnou ochranu,“ říká Malcolm Smart z Amnesty International. „Máme zprávy o závažném porušování lidských práv – i mučení – ke kterému v iráckých věznicích a detenčních centrech dochází. Spojené státy nemohou dovolit, aby do nich byl kdokoli předán, pokud nebudou mít záruku, že jeho práva budou respektována.“Irácké úřady nyní drží tisíce zajatců, velká část z nich nebyla obviněna ani odsouzena a někteří jsou ve vězení už víc než pět let bez šance na to, že jejich případ bude nezávisle posouzen. I u těch, kteří jsou ve vězení na základě soudního rozhodnutí, mohou často existovat pochybnosti o tom, zda procesy vyhovovaly mezinárodním standardům. Mezi vězni jsou členové bývalé vládní strany Baas nebo představitelé režimu Saddáma Husajna, ti se nacházejí ve zvýšeném nebezpečí. Například Ali Hassan al-Madžíd a dva další muži, kteří byli odsouzeni k smrti za zločiny spáchané za Saddámovy vlády, budou po předání iráckým úřadům pravděpodobně okamžitě popraveni.Dohoda se nezmiňuje ani o více než dvou tisících Íránců patřících k íránské opozici, kteří jsou uvězněni v táboře Ashraf na severu Iráku, kde byly několik let pod ochranou amerických sil. Irácká vláda požaduje, aby z tábora do konce roku 2008 odešli, někteří vládní úředníci dokonce uvedli, že pokud neodejdou sami, mohou být z Iráku odsunuti násilím. Amnesty International varuje, že pokud se vrátí do Íránu, může jim hrozit vážné porušování lidských práv. Amnesty International také poukazuje na fakt, že zatímco smlouva odebírá soukromým kontraktorům amerického ministerstva obrany působícím v Iráku ochranu před soudním stíháním, nečiní žádný rozdíl mezi vojenskými i civilními kontraktory například amerického ministerstva zahraničních věcí. Ti byli přitom v minulosti mnohokrát obviněni ze zabíjení iráckých civilistů. Týká se to například bezpečnostní firmy Blackwater, která byla ze závažného porušování lidských práv obviněna vloni a která v Iráku působí na základě smlouvy s ministerstvem zahraničních věcí.Další informace o smlouvě SOFASOFA nahradí stávající mandát OSN, američtí vojáci podle ní budou z městských území staženi do června 2009 a zemi opustí do konce roku 2001.Po 31. prosinci 2008 budou mít irácké úřady větší slovo v řízení denních operací americké armády na území Iráku. Článek 12 smlouvy SOFA uvádí, že Irák má přednostní právo uplatňovat jurisdikci proti členům amerických sil nebo civilních složek kvůli vážným předem určeným těžkým zločinům, pokud byly spáchány mimo ujednané objekty nebo mimo službu. Blíže určena však není povaha těchto těžkých zločinů ani proces, kterým se za své zločiny budou zodpovídat ti, kteří je spáchali během služby.