Genderová identita trans* osob je podle Mezinárodní klasifikace nemocí (MKN-10), vypracované Světovou zdravotnickou organizací, stále klasifikována jako duševní porucha pod kódem F64 - transsexualismus.  

Co se týče průběhu a požadavků pro úřední změnu pohlaví v České republice, jedná se o zdlouhavý a psychicky náročný proces spojený s řadou podmínek, které jsou pro mnoho trans* osob nejen nedůstojné, ale i nebezpečné. Požadavkem je být svobodný*á (případně se tedy muset rozvést nebo ukončit registrované partnerství). Další podmínkou, současně velmi  problematickou, je znemožnění reprodukční funkce, tj.  podstoupení operativní kastrace (odstranění varlat nebo dělohy). Proces úřední změny pohlaví začíná přijetím do péče sexuologa a vyšetřením klinického psychologa k potvrzení diagnozy transsexualismu a vystavení potvrzení pro matriku ke změně jména a příjmení na neutrální tvar. Trans* lidé totiž podléhají přísným pravidlům ohledně svého zvoleného jména a v průběhu tranzice mohou používat pouze neutrální tvar jména i příjmení. Následuje minimálně rok hormonální léčby a tzv. Real Life Experience/Test, tedy vystupování  v dané genderové roli po dobu jednoho roku. V další fázi odborná komise ministerstva zdravotnictví pacienta na jeho žádost doporučí nebo nedoporučí k operativní kastraci. Operace je sice hrazena ze zdravotního pojištění, nicméně ostatní úkony s operací spojené už ne. Hormonální terapie je hrazena jen částečně, někdy vůbec. Po absolovování operace vystaví sexuolog pro matriku lékařské potvrzení  o ukončení léčby. Matrika provede úřední změnu pohlaví (změna pohlaví, rodného čísla, jména a příjmení). Mnoho trans* osob přitom nemůže nebo nechce takový proces, zejména operaci, podstoupit. Tento zákrok je nejen zdravotně rizikový, ale i zcela zbytečný z hlediska práva na uznání jejich identity. Tyto požadavky upravuje zákon o matrikách, nový občanský zákoník a zákon o specifických zdravotních službách. Navíc delší doba hormonální terapie může vést ke zneplodnění. Podmiňovat tak úřední změnu pohlaví dalším medicínským procesem je nelidské a nehumánní a povinnost hormonální terapie je považována za formu chemické kastrace. 

Komplikace nastává také v případě, kdy mají trans* osoby problémy v oblasti duševního zdraví. Tam se procesy mohou velmi prodloužit. Dostupnost psychiatrické péče pro trans* lidi je problematická a v zařízeních jsou často buď odmítáni, nebo je jejich identita neustále zpochybňována.