Poté, co byl poprvé zadržen, ho policie několik týdnů vyslýchala. Během výslechů byl bit, často do hlavy, bylo mu odpíráno jídlo a spánek a byl přivazován k židli.

Na začátku roku 2009 najala jeho rodina dva pekingské právníky, aby ho zastupovali. Třikrát za ním jeli do věznice, aby vyjednali přístup ke svému klientovi a přístup k údajným důkazům, na které měli podle práva nárok. V březnu 2009 však úřady kompletně zakázaly přístup k Dhondupovi, protože prý obvinění proti němu zahrnovala státní tajemství. Jeho právníkům bylo dovoleno ho navštívit pouze jednou.

Na jaře 2010 nastoupil výkon trestu ve věznici Si-čchuan. Zde byl nucen pracovat až 18 hodin denně, avšak od doby, co ho Amnesty International zařadila mezi své vězně svědomí (osoby vězněné jen za své přesvědčení či názory), se tyto podmínky zlepšily.