Bezpečnostní složky poprvé zatkly tehdy dvacetiletého Anase al-Beltagy 24. prosince 2013, když spolu s matkou navštívil svého otce Mohameda al-Beltagy, uvězněného ve vězeňském komplexu Tora. Podle informací, které získala Amnesty International, je členové bezpečnostních složek obstoupili, zbili a poté je převezli do střediska Maadi, kde byli vyslýcháni kvůli obvinění z napadení příslušníků vězeňské služby. Po přibližně dvaceti hodinách zadržování nařídila prokuratura jejich předběžné propuštění na kauci. Dne 31. prosince 2013 byl Anas al-Beltagy zatčen v domě přítele v káhirské čtvrti Nasr City. Byl převezen na policejní stanici Nasr City 1, a následně na měsíc nuceně zmizel. Během této doby byl podroben mučení a jinému špatnému zacházení. Amnesty se z informovaných zdrojů dozvěděla, že jej bezpečnostní složky držely v malé, železné kleci, označené jako „nevhodná pro lidi“. Po svém převozu do vězení Abu Zaabal v Alexandrii začátkem roku 2014 ho vězeňská správa držela na samotce a musel spát na holé betonové podlaze. Následně byl převezen do vězeňského komplexu Tora, jižně od Káhiry, kde byl opět vystaven mučení a špatnému zacházení, včetně dlouhodobé samovazby. V listopadu 2022 byl převezen do vězeňského komplexu Badr.

Byl držen v krutých a nelidských vězeňských podmínkách, čímž byl porušen absolutní zákaz mučení a jiného špatného zacházení. Ve věznici Badr, kde se nacházel od listopadu 2022 do června 2023, byl držen na samotce ve studené cele s fluorescenčím světlem zapnutým 24 hodin denně a nebyl mu povolen žádný pohyb na čerstvém vzduchu či kontakt s ostatními vězni. Od svého převozu do věznice ve městě Al-ʿĀshir min Ramaḍān dne 8. června 2023 je také umístěn na samotce. Vězeňští úředníci stále nedovolují, aby mu jeho rodina doručila jídlo, vhodné oblečení či léky, a to navzdory zdokumentovaným případům, kdy vězeňské úřady neposkytují vězňům dostatek jídla, pitné vody, základních hygienických potřeb a adekvátní oblečení a pokrývky.

Během slyšení o jeho prodloužení vazby formou videokonferencí konaných od roku 2022, kde je občas viděn se spoutanýma rukama a nohama, si stěžoval na své zhoršující se fyzické i mentální zdraví a psychický stav v důsledku podmínek ve vazbě. Tato slyšení dále porušují spravedlivé standardy soudního procesu, dějí se za vynucených okolností v přítomnosti vězeňské stráže a zadržení nemohou soukromě komunikovat se svými obhájci. Dále také vystavují zadržené riziku odplaty ze strany dozorců, pokud si stěžují na mučení či jiné špatné zacházení a neumožňují soudcům spatřit viditelné modřiny a jiná zranění. Obhájci si také stěžují na technické problémy při těchto online slyšeních, jako je špatné spojení a nemožnost dostatečně vyslechnout obžalované. Obhájci Anase al-Baltagy také uvedli, že ho při některých plánovaných slyšeních neviděli na kameře, ale neměli žádné potvrzení, zda byl v místnosti přítomen. Jeho obhájci rovněž uvedli, že soudce dozorující jeho případ zamítl a nevěnoval se jeho opakovaným stížnostem na špatné zacházení, což podnítilo žádost Anase al-Beltagy, aby jeho slyšení byla dozorována jiným soudcem.