Dne 5. prosince 2023 agenti svévolně zatkli Šarife Mohammadi v jejím domě v Raštu, zabavili její elektronická zařízení a další osobní věci a poté ji převezli do vazební věznice Ministerstva zpravodajských služeb v Raštu. Tam byla podrobena výslechům bez možnosti obhájce, byl jí odepřen kontakt s rodinou, měla zavázané oči a byla opakovaně vyslýchána. Výslechy se týkaly jejího aktivismu v oblasti lidských práv, včetně důvodů jejího postoje proti trestu smrti a podpory vězňů zadržovaných z politicky motivovaných důvodů. Po několika dnech byla převezena na samotku ve věznici Lakan, kde pokračovaly výslechy ohledně jejího aktivismu. Dne 28. prosince 2023, po jejím náhlém převozu do vazební věznice Ministerstva zpravodajských služeb v Sanandadži, následovaly další výslechy a podle informovaného zdroje ji agenti dále mučili a jinak s ní špatně zacházeli, mimo jiné ji opakovaně bili do obličeje. Agenti se ji snažili donutit k vynucenému „přiznání“, že má vazby na stranu Komala Kurdistánu, zakázanou kurdskou opoziční skupinu se sídlem v iráckém Kurdistánu, což opakovaně popírala. Přibližně koncem ledna 2024, kdy byla Šarife Mohammadi převezena do samovazby ve věznici ve městě Sanandadž, podala stížnost na zacházení ve vazební věznici Ministerstva zpravodajských služeb v Sanandadži, ale žádné vyšetřování nebylo provedeno. O čtyři týdny později na ni úředníci Státního zastupitelství tlačili, aby svou stížnost stáhla. V té době už měla viditelná zranění v obličeji zahojená a úředníci prokuratury jí řekli, že pokud chce, aby proběhlo vyšetřování, bude nadále držena ve věznici Sanandadž, místo aby byla převezena zpět do věznice Lakan, blíže ke svým příbuzným. Koncem února 2024, poté co pod nátlakem svou stížnost stáhla, byla převezena zpět do věznice Lakan, kde zůstává. Do té doby, než byla počátkem března 2024 převezena na všeobecné oddělení věznice Lakan, jí bylo povoleno jen několik velmi krátkých telefonátů s rodinou. Dne 11. června 2024 byl po měsících opakovaného sledování případu Šarife Mohammadi zatčen její manžel Sirús Fattahi, který byl 20. června 2024 z věznice Lakan propuštěn na kauci. Úřady proti němu nyní zahájily dva otevřené případy – jeden u Revolučního soudu a druhý u trestního soudu – na základě falešných obvinění, která se týkají výhradně jeho obhajoby za propuštění Šarife Mohammadi, včetně tzv. „šíření lží s cílem narušit veřejné mínění“.

Proces se Šarife Mohamamdi před prvním oddělením Revolučního soudu v Raštu byl hrubě nespravedlivý. Jejímu právníkovi bylo poskytnuto pouze 10 minut na obhajobu. V rozsudku vydaném 30. června 2024, který přezkoumala Amnesty International, jsou pokojné aktivity v oblasti lidských práv uvedeny jako „důkaz“ o činech Šarife Mohammadi „proti základům Íránské islámské republiky“. Rozsudek uvádí jako „důkazy“ proti Šarife Mohammadi její podporu zrušení trestu smrti v Íránu, dokumentaci případů žen vězněných z politicky motivovaných důvodů v provincii Gilan, vlastnictví informací o tom, jak se dělníci účastnili povstání „Žena, život, svoboda“ v září až prosinci 2022, a kontaktních údajů Koordinačního výboru pro pomoc při vytváření dělnických organizací, které byly nalezeny v jejích elektronických složkách. Rozsudek rovněž tvrdí, že existuje spojení mezi Koordinačním výborem pro pomoc při vytváření dělnických organizací, jehož byla do roku 2011 členkou, a stranou Komala Kurdistánu. Koordinační výbor pro pomoc při zakládání dělnických organizací, který nadále funguje jako nezávislá organizace prosazující práva dělníků a odborů, opakovaně prohlásil, že je výborem pro práva dělníků a není spojen se stranou Komala Kurdistánu.