Muhammad byl odsouzen k patnácti rokům vězení za psaní článků a stal se nejdéle uvězněným žurnalistou.„Ležel jsem na podlaze v kaluži krve celé dny – bez vody a jídla. Snažil jsem se vybavit si všechny dobré věci ve svém životě, svou ženu, děti. V duchu jsem se připravoval na smrt.“ V roce 1999 mučili uzbecké bezpečnostní složky Muhammada Bekzhanova, editora zakázaných novin, dokud se nepřiznal k zločinu proti státu. Přestože Uzbekistán podepsal Úmluvu OSN proti mučení, tyto praktiky jsou stále využívány pro doznání k trestným činům. Ačkoli měl být propuštěn v roce 2014, zůstává ve vězení kvůli dalšímu pětiletému trestu za porušování vězeňského řádu.